بر اساس مصوبه اجلاس روسای دانشگاه های علوم پزشکی سراسر کشور و در راستای اجرای برنامه سوم توسعه و بخشنامه های ابلاغی وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی، از بهمن ماه سال 1381 ، معاونت غذا و داروی دانشگاه علوم پزشکی قزوین در محل ساختمان شماره 2 ستاد دانشگاه بعنوان حوزه ای مستقل با اهداف ارتقاء کیفی و کمی خدمات دارویی ، غذایی ، آرایشی ، بهداشتی و بسته بندی استان و افزایش سطح مشارکت مردم و سایر بخشهای توسعه در ارتقاء سلامت و همچنین کمک به ارتقاء سطح فرهنگ و دانش مرتبط با امر غذا و دارو شروع به فعالیت نمود و با تلاش و مساعی مدیریت و کارشناسان حوزه های تابعه موفق شد تا بعنوان اولین معاونت از مجموعه معاونتهای دانشگاه علوم پزشکی قزوین از سطح دو کشور به سطح یک ارتقاء یابد و درحال حاضر نیز با تمام توان در جهت ارتقاء خود در بین دانشگاه های سطح یک می کوشد .
در این راستا علیرغم ضعف چارت تشکیلاتی و عدم امکان جذب نیرو و امکانات در خور، طی ارزیابی سال 86 وزارت متبوع، این معاونت در بین 16 دانشگاه سطح یک کشور رتبه پنجم و در بین 44 دانشگاه کل کشور نیز رتبه پنجم را احراز نموده است .