هزینه تکمیل مراکز مهارت های بالینی مطابق استانداردهای تعیین شده در نخستین نوبت اجرا با کمک معاونت آموزشی وزارت تامین شد. تامین هزینه لازم برای جایگزینی تجهیزات و ملزومات سرمایه ای برگزاری آزمون در هر سال بر عهده وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی است.
بدیهی است شهریه اخذ شده از کارورزانی که برای نوبت دوم و بعد از آن در آزمون شرکت می کنند، در اختیار دانشگاه برگزار کننده بوده و صرف کمک به تامین هزینه های جاری آزمون می شود.