به طور كلي اين معاونت به دو بخش
مجزا تفكيك مي گردد:
1-نظارت بر امور دارو و مواد مخدر
2-نظارت بر امور مواد غذايي،آرايشي،بهداشتي،ظروف و صنايع بسته بندي

در حوزه امور داروخانه ها، تعداد 12 داروخانه فعال شهري، 13 داروخانه مراكز روستايي و نيز دو داروخانه داخل بيمارستاني و در حوزه امور غذايي، آرايشي و صنايع بسته بندي نيز تعداد 43 شركت توليدي فعاليت دارند