پس از افتتاح دانشکده علوم پزشکی قزوین در سال 1364، مجله دانشکده پزشکی در سال 1366 راه‌اندازی گردید و دکتر سعید آصف‌زاده به عنوان سردبیر آن منصوب شد. همچنین در همان سال وی مسؤلیت امور مربوط به پژوهش را بر عهده گرفت. سپس شورای پژوهش دانشکده علوم پزشکی در سال 1368 تشکیل گردید. در سال 1369 دکتر جلال‌الدین حمیصی به عنوان مسؤول امور پژوهشی منصوب شد. در سال 1371 دکتر همایون شیخ‌الاسلامی به عنوان اولین و سه سال بعد دکتر رضا قاسمی برقی به عنوان دومین معاون پژوهشی منصوب گردیدند. یکسال بعد، در 1375 دکتر سعید آصف‌زاده سومین معاون پژوهشی دانشگاه گردید و در سال 1393 دکتر تقی ناصرپور فریور به عنوان چهارمین معاون پژوهشی دانشگاه منتخب شده و پس از اعلام بازنشستگی آقای دکتر ناصرپور در اسفند 1395، دکتر امیر پیمانی به عنوان معاون پژوهش و فناوری دانشگاه منصوب گردیدند، پس از ایشان در سال 1398 دکتر محمدمهدی امام جمعه به عنوان معاون تحقیقات و فناوری دانشگاه برگزیده و در سال 1400 دکتر سیدمهدی میرهاشمی به سمت معاون تحقیقات و فناوری دانشگاه منصوب گردیدند.
⦁ واحدهای زیر مجموعه معاونت پژوهش و فناوری به شرح زیر می‌باشند:
مدیریت توسعه و ارزیابی تحقیقات:
⦁ امور پژوهشی و طرح‌ها
⦁ امور اخلاق در پژوهش‌های زیست پزشکی
⦁ امور کارگاه‌ها و سمینارها
⦁ امور نظارت و پایش واحدهای تحقیقاتی
⦁ مجله‌های علمی دانشگاه
⦁ کمیته تحقیقات دانشجویی
گروه توسعه فناوری سلامت:
⦁ مرکز رشد فناوری‌های زیست پزشکی
⦁ مالکیت فکری
⦁ ارتباط با صنعت
گروه اطلاع رسانی پزشکی و منابع:
⦁ گروه علم سنجی
⦁ گروه اطلاع رسانی پزشکی و منابع
⦁ کتابخانه مرکزی دانشگاه
⦁ انتشارات
⦁ در حال حاضر 7 مرکز تحقیقات در زیر مجموعه این معاونت در سطح دانشگاه فعالیت می‌نمایند که عبارتند از:
1. مرکز تحقیقات بیماری‌های متابولیک
2. مرکز تحقیقات رشد کودکان
3. مرکز تحقیقات پیشگیری از پوسیدگی دندان
4. مرکز تحقیقات عوامل اجتماعی مؤثر بر سلامت (SDH)
5. مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی
6. مرکز تحقیقات ایمنی محصولات سلامت محور
7. مرکز تحقیقات میکروب شناسی پزشکی
⦁ سایر واحدهای تحقیقاتی وابسته به این معاونت عبارتند از:
⦁ پایگاه تحقیقات جمیعتی مینودر (مصوب 1384)
⦁ واحدهای حمايت از توسعه تحقيقات باليني (بيمارستان هاي كوثر – شهيد رجايی - قدس – بوعلی سینا- 22 بهمن و ولایت)
سه شرکت دانش بنیان مصوب و ثبت شده در فعالیت این معاونت به چشم می خورد و یک شرکت دانش بنیان دیگر نیز در حال ثبت می باشند.
⦁ مجلات دانشگاه:
1. Journal of Inflammatory Diseases
2. Social Health and Behavior Asian
⦁ تعداد اختراعات ثبت شده از دانشگاه در دوره چهار ساله منتهی به شهریور 1396، مجموعاً 29 اختراع بوده است.
⦁ تعداد کتب چاپ شده در دانشگاه از ابتدا تا شهریور 1401، مجموعاً 99 عنوان کتاب می باشد.
⦁ تعداد طرح هاي تحقيقاتي مصوب دانشگاه در دوره چهار ساله منتهی به شهریور 1396، مجموعاً 701 طرح بوده است.
⦁ تعداد مقالات چاپ و منتشر شده از اساتید دانشگاه در سال 1400، مجموعاً تعداد 649 مقاله که 553 مقاله از این تعداد در مجلات دارای ایندکس های معتبر بین المللی شاملISI ، Medline، Pub Med بودهاند.
⦁ شاخص H دانشگاه در زمان آخرین بروز رسانی این گزارش (شهریور 1401): 66