بخش فارماکولوژی در سال 1364 فعالیت خود را رسما آغاز نمود. این بخش در طبقه دوم ساختمان علوم پایه دانشکده پزشکی واقع شده است. ساختار اداری بخش عبارت است از: دفتررییس بخش، دفتر اساتید گروه، داروخانه آموزشی بخش و آزمایشگاه فارماکولوژی.